纳税人纳税风险的根源主要来源于以下几方面：
一、来源于纳税人自身的原因
纳税风险来源于纳税人自身的原因最为突出地表现在依法纳税观念的弱化。
1、在执行具体法律法规时，纳税人没有完全树立与征税机关的平等地位，因此往往以税务官员个人的意见作为确定税务责任的界限。即使意见相左，也往往采取息事宁人、得过且过的方式放弃正确的权利主张。
尽管国家已经通过立法方式赋予纳税人主张合法权益的外因，但纳税人由于自身的陈旧观念和浅薄的法律意识，不去积极主张自身合法权益，不充分发挥内因的决定性作用，在执行具体法律法规时，纳税人要树立与征税机关的平等地位，积极主张合法权益，也是不行的。
2、纳税人往往造成一种错觉：和税务官员处理好私人关系远甚于双方面对面就政策而进行开诚布公的讨论。
在经济生活中，纳税人要想得到税收优惠，必须先请客然后再行文请示，还要多说好话，似乎已成为一种定律。纳税人获得理应给予享受的优惠政策，仿佛一切来源于和税务官员良好的私人关系。其结果是造成税务官员私欲的膨胀与纳税人潜在风险的增加。
二、纳税人来源于税收行政方面的纳税风险
1、税收机关与纳税人信息的严重不对称，是增加纳税人承担巨大的纳税风险的重要原因之一。
相当一部分具有适用性、比照性的政策处于非公开的状况，其结果除了影响到法律的公正性之外，要求纳税人遵从并不可能知道的法律及政策规定，显然有悖“法律面前人人平等”的基本原则。
税务机关对于政策法规的宣传力度不够，一般仅限于有效范围的解释，而非采用广而告之的方式，使广大纳税人广为接受。
针对新出台的政策法规，就其立法意图及提请纳税人关注的重点缺乏必要的说明，因此很容易误导纳税人，使其跌入税收“陷阱”。
现在，政府已经开始采用政府公告的方式积极开展法律普及工作，新法规在出台前后，政府通过网站、电台、电视台、报纸等各种媒体进行深入宣传。税务总局网站甚至对经过修改的条文逐条作出解释，其明智之举令所有纳税人耳目一新。
2、由于在现行法律、法规、规章中没有对税务行政机关使用税法解释权和自由裁量权作出相应的约束，这就有可能造成税务机关及税务官员行使自由裁量权不当，从而构成对纳税人权益的侵害，使纳税人承担巨大的纳税风险。
在实际生活中，除了纳税人自身原因（如纳税人自身的法制观念、对于专业知识的正确认识、建立与税务机关及税务官员进行正确的沟通方式等）之外，基于传统的行政管理观念，一些税务官员往往以“税收政策的解释权归税务机关”为由，随意解释成为习惯，从而影响了税法的严肃性，同时造成纳税人纳税风险的上升。
在针对纳税人具体经济行为适用政策界限行使解释权时，往往只作原则答复，对于解释意见本身是否符合政策规定条文立法本意、是否具有适用性、合理性等考虑不足，因此极易产生误导纳税人的严重后果。
在行使自由裁量权时往往基于主观的判断，个别情况甚至基于私人的人际关系。由于行使自由裁量权不当，难免造成税负不公及处罚失当的现象，从而造成纳税人纳税风险的上升。
3、税务机关和税务官员的执法观念也是增加纳税人承担巨大的纳税风险的重要原因之一。
从原则上说，虽然税收征纳关系决定了征纳双方关系的不平等，但是并不意味着双方在适用具体法律法规时地位的不平等。在这一法律关系中，双方当事人地位平等，均依法享有权利主体的法律地位与身份、资格，平等地建立起法律关系，通过各自权利的行使和义务的承担，分别负担起各自主体的职责：征税人可依法查处纳税人的偷税、逃税、抗税等违反税法的行为；纳税人也有权依法提出申诉、上诉、控告、检举揭发等，同税务机关及其工作人员的渎职、侵权、贪污受贿、营私舞弊等不法、违法犯罪行为进行斗争，依法维护自己的合法权益。
但是现实生活中，纳税人“官不和民斗”的传统思维模式助长了某些税务官员和税务机关的权力意识，淡化了税务官员和税务机关的服务意识，一些税务官员往往因为纳税人在提出了不同意见时使用了激烈的言论，觉得失面子，便不能持平常心正确工作，便要好好惩罚敢于动摇他权威的人。在将税务官员个人感情与工作挂钩的时候，纳税人无不将与税务机关打交道视为畏途。于是因此也导致纳税人“任我再有道理，真理总在政府一边”的错误思想。由于这些错误的指导思想延伸到具体的行政活动，使相当一部分税务官员将征纳双方关系的不平等与征纳双方在适用具体法律法规时平等地位划上等号，从而侵害了纳税人的权益，增加了纳税人的纳税风险。
三、纳税人来源于税收立法层面的纳税风险
1、由于相当部分的税务法规在出台前未经详细调查研究，更未进行全面统筹，因此往往引起税法规定与纳税人实际情况相背离，使纳税人无所适从；有些税务法规与更高级次的法规发生冲突，基于某种方面的考虑，往往不能及时纠正；税务法规变化过快，加之信息传输渠道不畅通，难以让纳税人及时准确掌握。
2、由于中国是以成文法为主体的国家，而成文法的特点之一是对法律责任的判定基于执法者对法律法规表述的理解。
税收行政法规、行政规章内容及定义不确切，条文规定空间太大、合法与非法界限不明，极易形成税收陷阱。由此决定了纳税人即使经历相同的涉税行为，可能因此接受不同的税务解释，除了引起纳税人税收负担的不公平，由此也造成纳税人的纳税风险的增加。
3、由于中国是以公法为主体的国家，由此决定了整个税法体系首先建立在保障国家行政利益的基础上，通过所有税收法律法规的条文，可以看到对于国家行政权力的保护远远大于对纳税人利益的保护。
由于税收征纳关系的不平等与适用同一法律时事实上地位的不平等及在法律、法规、规章中赋予行政机关过多的自由裁量权，纳税人即使具有较为充分的理由，税务机关也可以利用“税法解释权归税务机关”轻易加以否定，从而使纳税人的纳税风险大大增加。
4、由于中国完整税法体系并未建立，也是造成纳税人的纳税风险增加的重要原因之一。现在我国税收正式立法少，行政法规多，主体税种还没有立法，税收基本法尚未出台。现行工商税收税种有20个，只有两个上升到正式法律，即《企业所得税法》和《个人所得税法》，其他的还是暂行条例、暂行办法或规定。
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